Cuộc nổi dậy và những biến động khác đã tác động tiêu cực đến vị thế của Seymour và gây ra sự phân hóa bên trong Hội đồng Cơ mật, những ủy viên bất mãn kết hợp với nhau để hậu thuẫn John Dudley nhằm lật đổ Seymour. Lúc đầu Cranmer cùng hai ủy viên khác của Hội đồng, William Paget và Thomas Smith, ủng hộ Seymour. Nhưng sau một loạt những trao đổi giữa hai bên, một cuộc đảo chính không đổ máu diễn ra trong ngày 13 tháng 10 năm 1549 đã chấm dứt quyền nhiếp chính của Seymour. Mặc dù các chính trị gia có quan điểm tôn giáo bảo thủ ủng hộ cuộc đảo chính của Dudley, những người cải cách giành được quyền kiểm soát và tiếp tục củng cố những thành quả của cuộc Cải cách Anh.[66] Sau khi bị giam giữ một thời gian ngắn tại Tháp Luân Đôn, Seymour được trả tự do và trở lại Hội đồng. Tổng Giám mục đưa tuyên úy của ông, Nicholas Ridley, về giáo hạt Luân Đôn. Những người bảo thủ dần dần bị thay thế bởi những người cải cách.[67]

Thành quả của sự hợp tác và tư vấn giữa Cranmer và Bucer là Ordinal, nghi lễ phong chức mục sư. Nghi thức này không có trong Sách Cầu nguyện ấn hành năm 1550. Từ bản thảo của Bucer, Cranmer thiết lập nghi thức tấn phong cho ba chức vụ của giáo hội: chấp sự, mục sư, và Giám mục.[68] Trong năm ấy, Cranmer cho ấn hành quyển Defence of the True and Catholic Doctrine of the Sacrament of the Body and Blood of Christ giải thích quan điểm thần học của thánh lễ Tiệc Thánh trong Sách Cầu nguyện. Đây là cuốn sách đầu tiên có ghi tên tác giả Cranmer trên trang bìa.[69]

Trong khi hỗ trợ cho tiến trình phát triển của cuộc Cải cách Anh, Bucer quan ngại về tiến độ của cuộc cải cách. Cả Bucer lẫn Fagius đều nhận thấy sự thay đổi trong nội dung của Sách Cầu nguyện năm 1549 là chưa đủ. Cranmer trấn an Bucer rằng trong hoàn cảnh ấy chẳng thể có sự lựa chọn nào khác, và đó chỉ mới là sự khởi đầu.[70] Đến mùa đông năm 1550, Bucer tỏ ra thất vọng, nhưng Cranmer cứ tiếp tục trấn an và duy trì mối quan hệ mật thiết với Bucer.